Unerwünschte Arzneimittelwirkungen (kurz UAW, meist nur Nebenwirkungen genannt) können bei jeder Arzneimitteltherapie auftreten. So hat z. B. das Kortison als universell im Körper wirkender Botenstoff mindestens 15 verschiedene Effekte, von denen allerdings nur ein oder zwei bei der Arzneimittelverordnung gewünscht sind. Das Ausmaß der Nebenwirkungen kann durch lokale Anwendung (auf eine betroffene Hautstelle oder durch Inhalation) stark reduziert werden. Zudem treten viele Nebenwirkungen erst in höherer Dosierung oder bei längerer Anwendung auf.
Viele Nebenwirkungen sind geradezu zwangsläufig, treten also bei entsprechender Dosierung und Anwendungsform bei fast jedem Patienten auf. Diese sind zwar oft störend (z. B. Kopfschmerzen), aber an sich harmlos. Nur selten kommt es zu ernsten Schäden wie z. B. bei Antibiotika aus der Gruppe der Aminoglycoside (z. B. Streptomycin), die bei längerer Anwendung zu Schäden am Innenohr und an den Nieren führen können.
Andere Nebenwirkungen betreffen nur wenige Patienten, die z. B. allergisch auf bestimmte Antibiotika oder auch auf im Arzneimittel verwendete Hilfsstoffe sind. Besonders gefährdet sind neben Allergikern auch Schwangere, stillende Mütter, Säuglinge und Kleinkinder. Zu trauriger Berühmtheit gelangte das Anfang der 60er Jahre häufig Schwangeren als Schlafmittel verordnete Contergan®, das zu einer Welle von Fehlbildungen bei Kindern führte.
Wegen der Gefahr kindlicher Schäden sollten Schwangere keinerlei Arzneimittel (auch nicht rezeptfreie Arzneimittel oder Vitaminpräparate) ohne ärztlichen Rat oder ohne entsprechend dokumentierte Eignung für Schwangere auf der Packungsbeilage einnehmen.
Nimmt ein Patient zwei oder mehr Arzneimittel gleichzeitig ein, ergeben sich zusätzliche Probleme, da sich diese gegenseitig beeinflussen. Wechselwirkungen gibt es aber nicht nur zwischen Arzneimitteln, sondern auch zwischen Arzneimitteln und einigen Lebensmitteln. So kann z. B. Milch die Aufnahme von Arzneimitteln in den Darm verhindern.
Am häufigsten sind Wechselwirkungen im Arzneimittelabbau: Fast alle Arzneimittel werden über Niere oder Leber abgebaut und ausgeschieden. Die Ausscheidungskapazität von Leber und Niere ist aber begrenzt und wird durch viele Medikamente bereits erheblich beansprucht (durch Alkohol übrigens ebenso). Es kommt deshalb bei der Einnahme mehrerer Medikamente mit gleichem Abbauweg oft zu einer verzögerten Ausscheidung (auch im Alter verlängert sich die Ausscheidungszeit). Eine Anreicherung der Substanzen bis hin zu lebensgefährlichen Überdosierungen kann die Folge sei
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